הבית האפור ברחוב ירוזולימסקה 3 נבנה בשנת 1925. הוא שימש כבניין אדמיניסטרטיבי של בית הקברות של הקהילה היהודית בקרקוב ומקום מושבה של החברה קדישא. בתקופת מחנה פלאשוב היו בו משרדים של הנהלת המחנה ובמרתפים היה בית סוהר. לאחר המלחמה אורגנו בבניין דירות ציבוריות ופרטיות.

הודות להסכם של שלטונות העיר קרקוב עם הקהילה היהודית בקרקוב, שולב הבית האפור במוזיאון פלאשוב. לאחר השיפוץ הנדרש והתאמתו לצרכי המוזיאון, תוקם תערוכת קבע בקומת הקרקע ובמרתפים, ובקומה הראשונה יהיו חדרי לימוד, ספריית מולטימדיה זמינה לקהל ומרחב עיבוד וחשיבה. העיקרון המארגן של התערוכה בבית האפור שזהו המקום בו זכות הדיבור תינתן בעיקר לעדים. באמצעות עדויותיהם על חוויותיהםבמחנה, כך יוכלו המבקרים  להתחבר מהצד הרגשי-והאישי להיסטוריה של מחנה פלאשוב.

במרתף הבניין, מאוגוסט 1943, היה בית סוהר עם תאים, תא ללא חלונות ותאי עמידה - חדרים קטנים שבהם כל שניתן היה לאסיר היה לעמוד. אסירי המחנה הוחזקו במעצר בגין עבירות הקשורות להפרת חוקי המחנה וכן אסירים של משטרת הביטחון הגרמנית שנידונו למוות והמתינו להוצאתם להורג. התערוכה בחלק זה של הבניין תעסוק בסיפורם וגורלם.

הבית האפור עמד במרכז המחנה. חלונות המבנה השקיפו על צריפי הצוות, אך גם על מקום מושבו של מפקד המחנה, המחצבה, צריפי המגורים של האסירים, מגרש המסדרים ואזור התעשייה של המחנה. בבניין היה ממוקם גם משרדו של מפקד המחנה. בשל תפקידו של הבית האפור במלחמה, התערוכה במבנה זה תשלב את סיפורי האסירים עם הצגת גורלם של פושעי המלחמה- צוות הנהלת המחנה.

מינואר עד אוקטובר 1945 הוצבו במחנה יחידות של הצבא האדום. בשני חדרים במרתפים של הבית האפור נשמרו כתובות שהושארו על ידי חיילים סובייטים שהיו כלואים שם כנראה בשל עבירות של הפרותמשמעת. מרחב זה יוקדש להצגת גורלו של שטח המחנה לשעבר מיד בתום מלחמת העולם השנייה, המשפטים של פושעי- המלחמה ולניסיונות הראשונים להנצחת הקורבנות.